El científico y militante ateo Richard Dawkins visita Inglaterra, Norteamérica e Israel entrevistando a gente prominente de la fe islámica, judía y de las nuevas sectas Cristianas para expresar su punto de vista de que el fanatismo ha degradado la civilización y continuará degradándola. "El Espejismo de Dios" explora cómo las creencias son tratadas como hechos por muchas religiones y los extremos a los que algunos seguidores han llegado por ello. Dawkins argumenta que el proceso no-lógico llamado fe no es una manera de comprender el mundo, sino que se basa en una oposición a la ciencia moderna y al método científico, y que divide y es peligroso.

Dawkins opina que el marco moral de las religiones está deformado, y argumenta en contra del adoctrinamiento religioso de los niños. Discute específicamente la idea de religión vista como un virus en el sentido de un meme. Comienza por explicar cómo un niño está genéticamente programado para creer sin cuestionar la palabra de figuras de autoridad, especialmente los padres – el imperativo de la evolución es que ningún niño sobreviviría al adoptar una actitud escéptica hacia todo lo que dicen sus mayores. Pero este mismo imperativo, afirma, deja vulnerables a los niños a la "infección" por la religión

El documental es un examen iluminador de la Medicina Tibetana, una práctica que ha desarrollado durante dos milenios hasta el día de hoy métodos eficaces para curar que rivalizan con las prácticas médicas occidentales. A diferencia de la medicina occidental, basada en la bioquímica, la medicina tibetana ve el cuerpo humano gobernado por un elaborado sistema organizado de energías fluyendo a través de una red de canales. En el siglo XII se creó el 'Gyüshi' (Conocimiento de la Sanación), un texto codificando este intrincado sistema. Las medicinas usadas comprenden hierbas, raíces, minerales etc. Tras florecer durante siglos, la mayoría de las escuelas médicas tibetanas fueron destruidas por el gobierno chino en los 50 y 60 del pasado siglo y muchos médicos fueron ejecutados. Hablando desde el exilio, el Dalai Lama argumenta sobre el valor de esta medicina, mientras su médico personal, el Dr. Tenzin Choedrak describe los principios que hay detrás de ella. Seguiremos a médicos de la India y Siberia tratando pacientes con diversos padecimientos e investigadores de Israel y Suiza para ver como los estudios clínicos occidentales prueban la efectividad de la medicina tibetana.