El documental cuenta la historia de la teoría de la evolución por la selección natural, que es hoy ortodoxia científica, pero que cuando fue revelada causó mucha controversia. Mucha gente la criticó por la falta de evidencias experimentales y Darwin, siendo honesto, coincidía con ellos, pero confiaba en que las futuras generaciones completarían su trabajo. El profesor de biología evolutiva Armand Marie Leroi argumenta que con la nueva ciencia de la biología del desarrollo evolutivo es posible llevar a esta teoría a un nuevo nivel, explicando como evolucionaron las criaturas en el pasado y empezar a predecir como pueden evolucionar en el futuro.

En la tercera parte de su extraordinario viaje al cristianismo, el profesor Diarmaid MacCulloch cartografía la extraordinaria lucha por la supervivencia del cristianismo ortodoxo. Después de los días de gloria del Imperio Romano de Oriente, aguantó en mitad del camino de la expansión musulmana, sufrió la traición de los católicos en las cruzada, fue sitiado por los zares rusos y encaró casi la extinción bajo el comunismo soviético.