El documental cuenta la historia de la teoría de la evolución por la selección natural, que es hoy ortodoxia científica, pero que cuando fue revelada causó mucha controversia. Mucha gente la criticó por la falta de evidencias experimentales y Darwin, siendo honesto, coincidía con ellos, pero confiaba en que las futuras generaciones completarían su trabajo. El profesor de biología evolutiva Armand Marie Leroi argumenta que con la nueva ciencia de la biología del desarrollo evolutivo es posible llevar a esta teoría a un nuevo nivel, explicando como evolucionaron las criaturas en el pasado y empezar a predecir como pueden evolucionar en el futuro.

La historia comienza con Tyson sentado en el fuego de un campamento contando como el lobo se transformó merced a la selección artificial en el perro doméstico. Luego, con la Nave de la Imaginación explica cómo la selección natural ayuda a crear los osos plares, y habla también sobre el ADN, los genes y las mutaciones.
También describe la evolución del ojo y el Arbol de la Vida, las extinciones masivas, y como podría ser la evolución en otros mundos, como la luna de Saturno, Titán. El episodio termina con la secuencia animada de la evolución desde una célula a los humanos de la serie original.