El científico y militante ateo Richard Dawkins visita Inglaterra, Norteamérica e Israel entrevistando a gente prominente de la fe islámica, judía y de las nuevas sectas Cristianas para expresar su punto de vista de que el fanatismo ha degradado la civilización y continuará degradándola. "El Espejismo de Dios" explora cómo las creencias son tratadas como hechos por muchas religiones y los extremos a los que algunos seguidores han llegado por ello. Dawkins argumenta que el proceso no-lógico llamado fe no es una manera de comprender el mundo, sino que se basa en una oposición a la ciencia moderna y al método científico, y que divide y es peligroso.

Dawkins opina que el marco moral de las religiones está deformado, y argumenta en contra del adoctrinamiento religioso de los niños. Discute específicamente la idea de religión vista como un virus en el sentido de un meme. Comienza por explicar cómo un niño está genéticamente programado para creer sin cuestionar la palabra de figuras de autoridad, especialmente los padres – el imperativo de la evolución es que ningún niño sobreviviría al adoptar una actitud escéptica hacia todo lo que dicen sus mayores. Pero este mismo imperativo, afirma, deja vulnerables a los niños a la "infección" por la religión

Pocos sonidos son más hermosos o conmovedores que las canciones de las ballenas jorobadas. Los machos compiten con sus canciones, que a menudo duran 10 minutos cada una, y pueden repetirlas durante horas. Ballenas separadas por miles de kilómetros cantan canciones casi idénticas. Los investigadores han descubierto que las canciones cambian durante los meses de apareamiento, siguiendo un misterioso patrón". También las usan para cazar. Para capturar arenques, las ballenas jorobadas liberan un chorro de burbujas para formar una red circular. Emitiendo un grito sonoro repetido, asustan a los peces haciéndoles formar un cardumen en forma de bola y entonces lo atacan para tragárselo entero. Parece que la imagen de gigante tranquilo que tenemos de ellas debe cambiar al de un feroz y oportunista cazador.

La directora Amy Berg contactó con el padre O’Grady, el más conocido pedófilo de la historia de la iglesia moderna, y milagrosamente le persuadió para que interviniera en el rodaje del documental. Utilizando su escalofriante testimonio, la película expone el alto nivel de corrupción de algunos miembros de la Iglesia Católica y recoge las desgarradoras experiencias de las víctimas". Se narra la historia del padre Oliver O’Grady, un depredador sexual compulsivo, carente de remordimientos, que usó su autoridad como líder religioso para violar a docenas de niños de familias católicas por todo el norte de California durante más de 20 años. A pesar de los indicios y las quejas de varios feligreses, la jerarquía de la Iglesia urdió un elaborado plan para enmascarar sus delitos y desacreditar a sus acusadores mientras trasladaban al padre O’Grady de parroquia en parroquia. Unos documentos internos de la iglesia demuestran que violó y sodomizó con el pleno conocimiento de sus superiores.

A partir de la década de 1980s, los despiadados señores de la cocaína colombianos invadieron Miami con una clase de violencia nunca vista en el país desde la era de la Prohibición del Alcohol en Chicago, y pusieron a la ciudad en el mapa mundial. El documental es la verdadera historia de cómo Miami se convirtió en la capital del crimen y la droga, contada por la gente que la protagonizó.