En la segunda parte, el profesor Al-Khalili examina los químicos del s XIX que lucharon por imponer un orden en el mundo de aparente desorden de los elementos. Descubriendo sus relaciones únicas con cada otro, los primeros científicos descodificaron el orden oculto. La empresa condujo a una de las más bellas creaciones intelectuales -la tabla periódica-.

El Profesor Jim Al-Khalili trata habitualmente con la materia más extraña de toda la ciencia: La Física Cuántica, la teoría de las partículas subatómicas. Volviendo su atención al mundo de la Naturaleza, ¿puede la mecánica cuántica explicar los más grandes misterios de la biología? El Petirrojo europeo navega usando uno de los más extraños efectos de la física, el entrelazamiento cuántico, un proceso que parece desafiar el sentido común". Al-Khalili encuentra que incluso la más personal de la experiencias humanas, nuestro sentido del olfato, usa etéreas vibraciones cuánticas. El principio de incertidumbre es obedecido por las plantas cuando capturan la luz solar en el vital proceso de la fotosíntesis. Al-Khalili se pregunta si las extralas leyes del mundo subatómico, que permiten a los objetos atravesar barreras impenetrables desafiando al sentido común, podrían afectar a los mecanismos por los que los seres vivos evolucionan.

El profesor Jim Al-Khalili continúa explicando el átomo y sus implicaciones en la radiactividad, la bomba atómica y la teoría del Big Bang, e incluso explica porqué estamos aquí y de qué estamos hechos. Muestra que, en la búsqueda para enterder el átomo, se revela el misterio de cómo el universo fue creado.

En la parte final, el profesor Al-Khalili descubre relatos de éxitos y dolor en la historia de la batalla de los químicos para controlar y combinar los elementos, y configurar el mundo moderno. Revela como los científicos intentan domeñar las fuerzas extremas de la naturaleza.

Solo 92 elementos construyen el mundo, pero la creencia de que solo eran cuatro -tierra, fuego, aire y agua- persistió hasta el siglo XIX. El profesor Al-Khalili rastrea las huellas de los alquimistas que primero empezaron a cuestionarse la noción de los elementos en su búsqueda de los secretos de la vida eterna, las rivalidades que surgieron en el progreso científico y las nuevas aproximaciones que nos trajeron los elementos y la nueva ciencia de la Química.