Phil Stutz es uno de los psiquiatras más destacados del mundo. A lo largo de 40 años ha ayudado a innumerables pacientes, entre ellos creativos de talla mundial y líderes empresariales, y también a muchos escépticos de la terapia. Dirigida por su amigo y paciente Jonah Hill, la película explora la vida de Stutz y guía al espectador a través de sus característicos ejercicios de visualización, ‘Las herramientas’. Hill se sienta con Stutz en una sesión poco ortodoxa que invierte la típica dinámica médico-paciente, y ambos dan vida a Las herramientas en una experiencia humorística, vulnerable y, en última instancia, terapéutica.
La película, en la que se habla con franqueza de las experiencias personales de Stutz y Hill en materia de salud mental, junto con las bromas desenfadadas de dos amigos de distintas generaciones, enmarca maravillosamente Las herramientas y el viaje hacia la salud mental de una forma accesible para cualquiera, busque o no ayuda activamente.

Nathan organiza una fiesta de noveno cumpleaños para Adam, pero se enfrenta a un problema cuando Remy, uno de los niños actores que interpretó a Adam a los seis años, se encariña con Nathan, llamándole 'papá' incluso después de haber terminado sus escenas. La madre de Remy le explica que su hijo podría tener problemas para entender la diferencia entre la actuación y la realidad. Para descubrir qué es lo que ha fallado, Nathan repite las escenas de Remy con diferentes actores, como Liam (un actor de nueve años para Adam), un actor adulto y un maniquí. A continuación, explora lo que podría haber sucedido si Angela se hubiera quedado con él y se reúne con la verdadera Angela, que le insta a perdonarse a sí mismo, tal y como establecen sus creencias religiosas.
En un intento de comprender realmente la conexión entre padre e hijo, Nathan escenifica un nuevo escenario en el que él es Amber, la madre de Remy, y Liam representa a Remy. Recrean la experiencia de aparecer en El ensayo y de encariñarse con el 'papá de mentira' Nathan. Después de darse cuenta de que no deberían haber hecho el programa, Nathan, en el papel de Amber, parece romper el personaje y le dice al falso Remy: 'Yo soy tu padre'.

Nathan decide poner en práctica su propios puntos de vista en las relaciones enfrentándose a Angela en la educación religiosa de su hijo. Angela, una ferviente cristiana, se niega a permitir que Adam sea educado en la fe judía de Nathan, por lo que éste lleva en secreto a su hijo a clases con un tutor de judaísmo bajo el pretexto de clases de natación. Buscando consuelo fuera de casa, Nathan abre su réplica de Alligator Lounge al público bajo el nombre de Nate's Lizard Lounge. Los copadres discuten por un sketch cómico en el que aparece Adam, de seis años, como 'Dr. Pedo' y un chiste sobre comer heces, que según Angela es una práctica satánica.
Nathan ensaya los enfrentamientos con una falsa Angela, y en uno de los escenarios, ella critica duramente el desapego emocional de Nathan y cuestiona la ética de toda la producción. Sin embargo, en su confrontación final real, Angela simplemente decide abandonar el ensayo. Nathan sigue criando a Adam, ahora como padre soltero.

Para reclutar actores para sus ensayos, Nathan abre un estudio de interpretación en Los Ángeles, en el que enseña el 'Método Fielder', que consiste en observar e imitar de forma encubierta a sujetos inconscientes. Sintiéndose inseguro de su propia actuación, Nathan recrea la clase con actores y un falso Nathan como profesor, mientras el verdadero Nathan interpreta el papel de Thomas, un alumno. Nathan hace que sus alumnos se sumerjan en la vida de otras personas mientras él se sumerge en la vida de Thomas, incluso viviendo en su casa.
Nathan regresa a Oregón, donde su 'hijo', Adam, es ahora un adolescente. Nathan y Joshua, el actor que interpreta a Adam, deciden que éste incube un resentimiento hacia su padre ausente y desarrolle un problema de drogas, una situación que refleja el propio pasado de Angela. Adam sufre una sobredosis y es atendido por los socorristas interpretados por Thomas y otro graduado del Método Fielder. Después de huir de casa, el Adam de 15 años vuelve a ser un niño de 6, ya que Nathan planea revivir los primeros años de su hijo.

En el tercer episodio, Nathan y Angela aceleran su ensayo de paternidad con actores de tres años, y luego de seis, que representan a su falso hijo, 'Adam'. Angela se niega a participar en Halloween debido a su creencia en las conspiraciones satánicas.
Nathan compagina sus obligaciones como padre con un ensayo para Patrick, un hombre que quiere enfrentarse a su hermano por el testamento de su difunto abuelo, que prohíbe a Patrick heredar dinero si sale con una 'cazafortunas'. El ensayo tiene lugar en una réplica del restaurante Raising Cane's, en un almacén situado junto al reubicado Alligator Lounge. Para introducir emociones reales en el ensayo, Nathan escenifica un escenario para convencer a Patrick de que podría heredar el oro enterrado del abuelo de Isaac, el actor que interpreta al hermano de Patrick. Después de que Patrick tenga un brote emocional durante un ensayo, abandona la producción y no vuelve nunca más. Nathan narra que le da envidia que el autoengaño sea fácil para algunas personas mientras reflexiona sobre su falsa familia.