El documental cuenta la escalofriante historia de Abu Zubaydah, el primer detenido de alto valor sometido al programa de Técnicas del Interrogatorio Mejoradas (EIT), de La CIA, que más tarde fueron identificadas como tortura por personas ajenas a la agencia. Nunca acusado de un crimen o permitido de defenderse por su detención, Abu Zubaydah sigue encarcelado en la bahía de Guantánamo, en un limbo Kafkiano en contradicción directa de los propios ideales de la justicia y los procedimientos de Estados Unidos.
Veinte años después, el documental revela los orígenes de las operaciones clandestinas que llevaron a Estados Unidos, en la 'Guerra contra el Terror', por un camino de crueldad, mentira y autoengaño. Con nuevas revelaciones y un nivel de detalle hecho posible por varias demandas iniciadas por Gibney y el productor Ray Bonner contra La CIA, relatos de primera mano de los dos primeros interrogadores que interrogaron a Abu Zubaydah, los agentes del FBI Ali Soufan y Stephen Gaudin, una impactante entrevista con el contratista de la CIA James Mitchell, el arquitecto principal del programa de EIT, y una entrevista con Daniel Jones, ex investigador del Senado, el documental descubre las prácticas incompetentes y engañosas que siguió el gobierno de los Estados Unidos para acelerar y legalizar este programa después del 11 de septiembre. Como resultado, la tortura como política gubernamental fue autorizada por los Estados Unidos por primera vez en la historia.

En 1994, un niño de trece años desapareció de San Antonio, Texas. Tres años y medio después, lo encuentran sano y a miles de kilómetros de distancia en un pueblo del sur de España con una historia de secuestro y tortura. Su familia está encantada de traerlo a casa. Pero no todo es lo que parece.
El niño tiene muchas de las mismas marcas distintivas que siempre tuvo, pero ¿por qué ahora tiene un acento extraño? ¿Por qué se ve tan diferente? ¿Por qué la familia no se da cuenta de estas flagrantes inconsistencias? Solo cuando un investigador comienza a hacer preguntas, esta extraña historia toma un giro aún más extraño.

Sus informantes dan a Héctor Berrellez nuevas pruebas, testimonios presenciales y de primera mano del secuestro, tortura y asesinato de Kiki. Así averigua que el suceso tuvo lugar en una residencia del cártel donde estuvieron presentes altos funcionarios del gobierno mexicano y un misterioso cubano. También revelan los intentos del cártel y del gobierno de encubrir el crimen.

En 1985, el agente estadounidense de la DEA Enrique 'Kiki' Camarena fue secuestrado, torturado y asesinado por los narcotraficantes más peligrosos de México. Treinta y cinco años después, tres antiguos integrantes del cártel revelan detalles por primera vez conocidos. A través de entrevistas inéditas, esta es la historia de Camarena, del cártel de la droga en el que se infiltró y del hombre que lo arriesgó todo para descubrir la verdad.
En el primer episodio, estamos a mediados de la década de 1970. La recién creada DEA recluta a dos patrulleros mexico-estadounidenses: Kiki Camarena y Hector Berrellez. Kiki es destinado al territorio del cártel de Guadalajara, y Hector investiga sus actividades en Los Ángeles. El cártel tiene a policías en nómina, incluyendo a tres agentes estatales de Jalisco. Cuando Kiki es secuestrado, provoca un seísmo a ambos lados de la frontera.

Era el plan de coordinación de operaciones de las cúpulas de los gobiernos dictatoriales del Cono Sur de América -Argentina, Chile, Brasil, Paraguay, Uruguay y Bolivia- entre sí­ y con la CIA de los EE.UU., llevada a cabo en las décadas de 1970 y 1980.