El mundo espera mientras Koresh hace una nueva promesa de rendición pero la controvertida actuación del FBI convierte el recinto en una escena apocalíptica. La fiscal general de Estados Unidos Janet Reno aprobó las recomendaciones de los funcionarios del FBI para proceder a un avance final en el que los miembros de la Rama Davidiana serían expulsados del Centro Monte Carmelo por la fuerza.
El FBI recurrió a bombear gas lacrimógeno en el recinto con la ayuda de un vehículo de combate M728 que estaba equipado con un ariete. En el transcurso del avance, el Centro Monte Carmelo se incendió en circunstancias que siguen siendo discutidas. Atrincherados en el edificio, 79 miembros de la Rama Davidiana perecieron en el incendio; 21 de estas víctimas eran niños menores de 16 años. Koresh, que entonces tenía 33 años, murió de un disparo en la cabeza durante el incendio. Se desconoce si se suicidó o si fue asesinado.

La curiosidad por el hombre que se autodenomina mesías convierte a Waco en el centro de un circo mediático. Los equipos de negociación y rescate del FBI discuten sobre el uso o no de la fuerza. El equipo negociador establece contacto con Koresh dentro del recinto.
La comunicación durante los 51 días siguientes incluyó intercambios telefónicos con varios negociadores del FBI. El propio Koresh había resultado gravemente herido por un disparo. A medida que el enfrentamiento continuaba, él y sus colaboradores más cercanos negociaban retrasos para poder redactar los documentos religiosos que, según él, necesitaba completar antes de su rendición. Las conversaciones de Koresh con los negociadores eran tensas y también incluían temas bíblicos. Los negociadores del FBI trataron la situación como una crisis de rehenes.

La serie muestra lo que ocurrió en 1993 en Waco, Texas, cuando David Koresh, el líder de la secta de los Davidianos de la Rama, se enfrentó al gobierno federal en un asedio de 51 días. En el primer episodio, veremos como estalla un primer tiroteo cuando los agentes federales llegan al complejo de la Rama Davidiana con una orden de registro. Más tarde, los negociadores de rehenes intentan sacar a los niños del recinto.
David Koresh había llegado a dirigir su secta a través del matrimonio con Rachel Jones (14 años), hija de uno de los dirigentes de la misma y al que arrinconó enseguida, sustituyéndolo en la cima jerárquica. De todas partes llegaban nuevos adeptos ganados por la persuasiva doctrina de un Koresh que había efectuado compras de armas por valor de más de 250.000 dólares, según él para estar preparados llegado el momento del acoso del «Mal» y se dispuso a convertir en un fortín inexpugnable el rancho Monte Carmelo. Las autoridades acusaron a los davidianos de tenencia masiva de armas y de abusos sexuales con los niños que mantenían a su lado. Recibidos a tiros, los agentes contestaron de igual manera, produciéndose entonces un primer balance de cuatro agentes muertos y una decena de sectarios abatidos, entre ellos el propio David Koresh, herido en el costado izquierdo.

El cometa Hale-Bopp se aproxima a la Tierra y los rumores de un misterioso objeto siguiendo al cometa podría significar la señal que la comunidad de Heaven’s Gate podría estar buscando. Con los planes para la Salida, los miembros del grupo empiezan a despedirse del mundo. Su plan de cometer un suicidio masivo permanece sin detectar. Los antiguos miembros, sus familiares y los expertos reflexionan sobre el legado de Heaven's Gate.

El mensaje del grupo comienza a cambiar y la mentalidad e identidad del grupo es puesta a prueba. Con más reglas y aislamientos, los miembros más antiguos del grupo empiezan a cuestionar o a abandonar. Sin estar permitido el sexo, Dick Joslyn se convierte en un problema para ‘Do’, conduciendo a nuevas solicitudes para el grupo.
Con números de miembros en mengua, el grupo necesita un nuevo impulso. La ‘Salida’ empieza a ser discutida cuando el cometa Hale-Bopp se acerca.