El documental se centra en Tilikum, una orca que se vio involucrada en la muerte de tres personas a lo largo de dos décadas, y en el sufrimiento extremo al que se ven expuestos animales tan grandes e inteligentes al ser separados de sus grupos familiares y mantenidos en cautiverio." La historia de Tilikum comienza con su captura en la costa de Islandia en 1983 a la edad de dos años, el acoso que sufrió de sus compañeros de cautiverio y los años que pasó encerrado hasta 14 horas diarias en tanques pequeños y sin luz, lo que, según los biólogos marinos consultados en el filme, es el probable origen de su psicopatía y agresividad. El documental recuerda que jamás se han registrado ataques de orcas en libertad, al contrario de lo que ha ocurrido en numerosas ocasiones en cautividad, donde se les obliga a realizar espectáculos diarios a cambio de alimento y a convivir en espacios reducidos con otros ejemplares que no pertenecen a su grupo familiar. La película relata, entre otras cosas, la muerte del cuidador español Alexis Martínez, quien pereció durante un entrenamiento con una orca en diciembre de 2009 en el Loro Parque de Tenerife.

Nim es el nombre de un chimpancé con el que el psicólogo Herbert Terrace trataba de descubrir si un simio podría aprender a comunicar con el lenguaje de signos lo que pensaba y sentía si era criado y alimentado como un ser humano. El documental es un viaje extraordinario que muestra el impacto imborrable que causó Nim en la gente con la que se cruzó, a la par que una biografía de un animal que tratamos de convertir en humano". El nombre Nim Chimpsky es un juego de palabras con Noam Chomsky, que defendía que el lenguaje es exclusivo del ser humano. Causó conmoción cuando fue presentado en Sundance por ser casi increíble y, sin embargo, una historia real.

David Attenborough revela las plantas como nunca han sido vistas antes: En movimiento y peligrosamente taimadas. Las variadas formas en que las plantas han evolucionado para resolver los problemas principales de la vida: crecer, encontrar alimento, reproducirse. Filmado desde el punto de vista de la planta, usando animación por ordenador, fibra óptica y filmación con exposición prolongada." El primer episodio explora como las plantas son capaces de moverse. La zarzamora es un ejemplo agresivo. Avanza llena de fuerza y hay poco que hacerse si se está en su camino. Hay especies más ráidas como la planta jaula, que habita en la dunas de california, que aprovecha el viento, que es el que permite que muchas formas de vegetación distribuyan sus semillas.

La historia comienza con Tyson sentado en el fuego de un campamento contando como el lobo se transformó merced a la selección artificial en el perro doméstico. Luego, con la Nave de la Imaginación explica cómo la selección natural ayuda a crear los osos plares, y habla también sobre el ADN, los genes y las mutaciones.
También describe la evolución del ojo y el Arbol de la Vida, las extinciones masivas, y como podría ser la evolución en otros mundos, como la luna de Saturno, Titán. El episodio termina con la secuencia animada de la evolución desde una célula a los humanos de la serie original.

Exploraremos el cosmos a escalas microscópicas y atómicas con la Nave de la Imginación. Veremos los microorganismos que viven dentro de una gota de agua, hablaremos de cómo las plantas usan la fotosíntesis gracias a sus cloroplastos para convertir el agua y el dióxido de carbono en azúcares. Tyson explicará la naturaleza de las moléculas y los átomos y como están relacionados con la evolución de las especies, cómo los filósofos griegos Tales de Mileto y Demócrito de Abdera postularon que toda la materia estaba compuesta de átomos. Veremos la estructura básica atómica y la fusión nuclear y cómo se crean los neutrinos cuya existencia predijo Wolfgang Pauli y que son detectados por instalaciones como la de Super-Kamiokande. Los neutrinos generados por el Big Bang still aún pueblan el universo donde pueden ser detectados pero no más allá del "Muro del Infinito", todo lo que está más allá del universo observable.